同学園を運営するカトリック系宗教法人「マリア会」管区長・吉村新一郎さん(60歳)が腹から血を流しているのが見つかった。
吉Mさんは病院に運ばれたが死亡している。また同校教諭のN修道士(63歳)も自室で血を流して死んでいるのも見つかる。
N修道士は人事への不満のメモや吉村さんへの恨み言と見られるメモを残しており、
人事のことで吉村さんを刺殺し自殺を図ったものと見られる。
2人は午前11時頃から4月の異動について話し合っておりN修道士は都内の修道院への異動を打診されていたが、学園に残ることを希望していた。
マリア会から札幌に見学に来ていた吉村さんがN先生に九州異動を申し渡したが、N先生は札幌光星で職を終えるつもりだったため拒否。
そこからトラブルになりN先生は吉村さんを刺した後、窓から突き落とした。そして事件発覚後、職員の非常召集かけるとN先生だけ来ないので
宿舎に見に行くとN先生が割腹自殺していた。
吉村神父と血縁関係(実妹)の修道尼は東京の晃華学園小学校で長年にわたり独裁運営を行なっていたが 3年ほど前に突然辞任した。
その後任が、担任教諭による教室での公開体罰の被害児童を児相に送致して学校から抹消した校長のシスター石上だ。