http://www.shogi.or.jp/faq/rules/
対局時計を使って対局していた時、駒から手が離れているのに、「対局時計を押していないから待ったではない」といわれて指し手を変更されました。そのようなルールはあるのでしょうか。

そのようなルールはありません。たとえ一瞬でも駒から手が離れれば着手は完了です。対局時計のボタンは着手の完了には一切関係がありません。

待った疑惑の場面
http://www.youtube.com/watch?v=9YP9kJh5Zms


単にうっかりしただけじゃなくて悪意の塊