実態を1ミリも知らずに思いついただけだけど、
トーナメントなら64代表制にして人口比例させれば不公平感はそこそこ緩和できそう。
48代表(東京2)のうち人口順に16都道府県を1回戦シードでもいい。

ほかの競技でそういう事例はないんかな？