YouTubeへの削除申請のチャネルとして著作権侵害とそれ以外の権利侵害とが区別されているか等は1つの事情ではあるんだけど、本質的な問題はそこではないんだよね。そこは今後は間違いなくやりましょうねという話に過ぎないので。
判決の直接の判断対象にはなっていないけれど、棋譜に著作権がないということ自体にはほとんど争いがなく、ただ、削除申請業務を担当する具体的な社員がその認識を十分に持っていなかったのであれば、そこは認識をちゃんと持ってもらう必要があるというだけの話。