ちょっと何言ってるのかわからない。
校正の赤入れとかで印刷した原稿に直接書き込みはよくあるけど、
基本は全期間通してデータが主だろ？
今時紙原稿受け入れてくれる印刷屋なんてあるのか？　漫画ならともかく。