思い浮かぶ人気のある敵は

1.敵対する相手でも敬意を払い、非道なことを嫌い、負けそうになっても屈しない武道派
2.様々な人物を翻弄する頭がいかれたトリックスター
3.ひたすら戦いや殺し合いが好きな戦闘狂
4.コミカルなところがあるギャグキャラ
5.味方が多くカリスマ性がある
6.悲惨な過去がある等、同情するところがある
7.異なる正義感を持っている(主人公や読者も共感、同意できそうなものなら尚良し)

とこんな感じが多いかな。こういう敵は最後まで敵だったとしても人気があったりすると思う。
後は共通して強い信念を持ち、それを曲げないことかな？例え共感出来ないサイコパスなキャラでも、「こいつ凄いな」って思って印象に残ると思う。