日本は国民主権の国です
そのため国民に選ばれた議員で構成されている国会は国権の最高機関とされています
立法を行えるのはこの国会のみです
日本学術会議法では「会員は、第十七条の規定による推薦に基づいて、内閣総理大臣が任命する。」と規定されています
「任命する」の意味については形式なものであって実質的なものではない(つまり拒否等は出来ない)事を確認の上、国会で改正がなされました
今回、菅総理は6人の会員を任命しませんでした
これは実質的な任命ができる(拒否等も出来る)ことを前提としなければできない処分です
つまり国会が定めた法で認められていない処分をしたものであり、それは換言すれば、行政が国会に基づかずに法を改正した、すなわち立法権を侵害したと言えます
これは明らかな法律違反であり、重大な憲法違反です
立法府(国会)を無視して解釈を変更するというのはつまり国民主権を無視するということでもあります
憲法の大原則すら守れない菅総理は明らかに総理として不適格ですので天皇は任命を撤回するべきかもしれませんね(ただの皮肉です、天皇に任命を拒否する権限も撤回する権限もありません)