株式会社大垣書店（おおがきしょてん）は、近畿地方に店舗を展開し、京都府京都市北区に本社を置く、日本の書店である。

1942年7月に会社を設立・創業する。近畿地方を主に店舗を展開し、特に京都府では存在をよく知られる。
また、主に取り扱う商品は、雑誌や総合的な書籍などである。
1942年7月 - 創業
1950年 - 株式会社に改組
1957年 - 佛教大学店オープン
1990年 - 岩倉店オープン
1994年 - 亀岡店オープン
1995年 - ビブレ店オープン
1997年 - 高島屋店・醍醐店・伏見店オープン
1998年 - 六地蔵店オープン
1999年 - 水口店・ナムコワンダーシティ店オープン
2000年 - 京都ファミリー店オープン
2002年 - 烏丸三条店オープン
2004年 - ダイヤモンドシティ店（現、イオンモール京都ハナ店）・高槻店オープン
2005年 - BiVi二条に二条駅店オープン
2006年 - 烏丸三条店に営業本部を移転する。豊中緑丘店オープン
2008年 - フォレオ大津一里山店オープン
2010年 - 京都駅前店（現、イオンモールKYOTO店）・京都ヨドバシ店オープン

2010年11月5日現在、近畿地方の京都府・滋賀県・大阪府に25店舗を展開している（子会社文苑の「ブックパル文苑」、フランチャイズ店「ブックパルデューク書店」を含む）。
京都府 - 京都市内17店舗（うち「ブックパル文苑」3店舗）、京都市外3店舗
滋賀県 - 2店舗
大阪府 - 3店舗（うち「ブックパルデューク書店」1店舗）