スクエ二みたいに分業できんのだから、何をおいても先ずシナリオ優先
それからテキスト（セリフや解説でプレイヤーに直接読ませる必要があるものと、一部の設定などそうでないものに分類できる）、CG（種類や枚数の見通しを立てる）や、音源（どんな場面があるかはシナリオから、それに応じた曲数+全体のテーマ曲）の作成のためのプランニング
ぐらいまではツクール２０００を使わずに準備しる
ゲームデータだけ作成してなんとなく「作っちゃった感」だけでお腹いっぱいになると、作れなくなるよ

あとは、あんたが力を入れたい部分がテキストなのかCGなのか音楽なのか知らんが、それほど力を入れる気の無い部分は（特に作成初期は）既成データで済ませなよ
まず暫定的なワールドマップは必要になるけれども、
自分の今回のゲームは例えばテキスト、と決めればCGや音楽イベントはコマンドの無いからっぽのイベントや、既成データを仮に使用しただけのイベントを潜り込ませて後で追加変更できるようにしておけばいい
そうすりゃオープニングからエンディングまでの流れとしての全体像が完成する
それからCGや音源の作り込みはそれからでいい
それがほぼ終わったらイベントの作り込み
画像や音楽を直接組み込みながらのほうがイベント作成しやすいだろ

家などの建て物を作る感覚とおんなじだと思う
全体的な作業量と工程を意識しないとツライよ

まあがんがれ

・・・なんだか俺も作りたくなってきたよｗ