Plex Tools ProfessionalのDigital Audio Extractionを使って、音楽CDをMP3化しているんですが、
一度リッピングしたものを別途LAMEでエンコードするのと、PTP上で一気に作るのとで違いはありますか？

というのも、一気にエンコードまでおこなった場合、最後に盛大にノイズが入る曲があるんですよね(´･ω･`)
LAMEのバージョンは同じです。
単にLAMEの設定が違ってるだけでしょうか？