今更ながらスレ参考にクロスフラッシュしてみました。
前スレ288で4550Aを接続するとドライブ読みにいくところで固まってOS起動できない。
という同症状から復旧できたので参考までに書いておきます。
ただ、BIOSではしっかりと認識してたので少し症状は違います。

IO 4550A
Binflash(GUI)1.24＋1-21

本来ならNECBFL.exeでの書き換え時
Flashing drive memory: ...............................OK
の後に
New bootcode has been successfully flashed.
Now reboot your PC and flash the main firmware for your selected target model.
Bye...
と出るはずですが、いくら待ってもでないので調べてみようと思いIE起動しようとしても無反応。
再起動かけようとしても固まってしまっているようで無反応なので強制再起動。
(この時ドライブのランプはずっと点滅したままの状態)
その後、ドライブが壊れていないか確認のためBIOS起動をして4551Aとして認識しているのを確認。
確認後、OS立ち上げようとしましたがドライブ接続時は固まってしまいOS起動できないので
BIOSで起動時のブートデバイスを1st.S-ATAのみに変え起動。
すんなりと立ち上がり、念のためセーフモードでBinflash1.24を起動して
1-21にファームを書き換えたところ、しっかりと新しいデバイスとして4551Aが認識されました。

失敗して壊れた!?と思った時試してみてください。
長文、乱文ですまそ。