パナのXE100を使っています。
パナのDVDRAMにHLモードで録画したものをRIPAVCRECでリッピングしたm2tsファイルをFORMAT FACTORYでavi変換したのですが、
再生するとﾚｺｰﾀﾞｰで編集したCMカットの部分で映像が３分程止まってしまいます。
（その間、音声は出ています）

これはフリーソフトの問題なのでしょうか？設定はデフォです

また、HANDBRAKEやFREE VIDEO CONVERTERなどで作業をすると、これらのソフトではエンコード後のファイルを再生すると音声が聞こえなくなってしまいます。
こちらも設定はデフォです。

同じような症状を経験された方、何か原因が分かる方がいましたら教えて頂ければと思います。

ちなみに再生ソフトはGOM、KMPLAYERです。

宜しくお願いします。
スレ違いでしたら申し訳ないですm(__)m