AVCRECでCMカットするとエンコ不能になっていたのが、やっと解決したわ。

AnyDVDを起動させ、DVDRAMを挿入。

TMPGEnc Video Mastering Works 5で、
「DVD,DVD,AVCHD,HDDカメラ,メモリーカードリーダー
などから追加する」
を選択。

これで、今まで2時間の動画が1分半でしか認識されなかったりしたのが、
ちゃんと2時間認識されるようになり、エンコも成功した。