連投すみません。
期待通りの結果を得ることができたので、試したことをまとめます。
方針としては「Blue-rayコピー」でISOファイルを取得、
フリーソフトにてMP4へ変換する方法を選びました。

【リッピング】
・「Prof. Media」試用版内の「Blue-rayコピー」でリッピングすると、動画冒頭が切れてしまう。
「Prof.Media内のBlue-rayコピー」というのが落とし穴だったらしく（何故？）、
「Blue-rayコピー」単体の試用版で試したところ、期待通りの結果を得ることが出来た。
・>>374のサイトで配布している「Blue-rayコピー」の試用版をDLしたところ、
バージョンは7.9のものだったが、8.0にアップデートすることができた。

【MP4へ変換】
・Blue-rayコピーにて作成したISOファイルをマウントして、
フォルダ内のM2TSファイルを任意の場所にコピー。そのコピーしたM2TSファイルを使用。
・「handbrake」でMP4に変換すると冒頭がモザイクになる。
「Avidemux」だとMP4形式で出力しても冒頭がモザイクになったりはしない模様。

ということで、試用版の制限内ではありますが、
やりたいと思ったことは達成することができました。