自分も前は5.1chになる前の部分削除したりしてたけど最近は面倒になってbackupからm2tsファイルを抽出して、その後makemkvボタン押してファイル名候補からファイル名コピペしてる。
これだと何故かmakemkvに失敗する番組とか途中でサブチャネルに切り替わる番組も毎回抽出できてる。