黒くなってるのはポリゴンの面が裏返ってる状態です
編集モードで法線を再計算（Ctrl+N）するとたぶん治ると思いますが
今の作りかけの状態だと裏表の判断がしづらくうまくいかないかもしれません
うまくいかない場合は黒くなっているポリゴンだけを選択して
（Ctrl+F→面を反転）をするか、とりあえずそのまま作成していって
ある程度球形の頭の形になってから（Ctrl+N）するとうまくいくかもしれません
108個の重複頂点ができていたということなのでおそらく作業中に
ポリゴン全選択（A）→複製（Shift+D）等の誤操作をやってしまってるのかも
