>>638
それでいいと思う。自分もそうしている。

自分の理解では、「流体シミュレーションはResolution(解像度)に応じた立方格子の各点ごとに計算されるので、
ある点に障害物と流体が同時に存在することできない」と思う。

実体験でも、障害物と流体の間には立方格子の間隔だけ少し隙間ができる
だから自分は、レンダリングする障害物オブジェクトは以下のようにモディファイアを掛けて、流体計算するときのみ縮め、少し障害物にめり込ませている。
　1 Displace(テクスチャ無し、Direction=Normall、Strength＜0.0)で均等に少し縮める
　2 Fluidsim(PhysicsタブでObstacleに設定)
　3 Displace(Strengthが上記1の正負逆)で縮めた分だけ均等にふくらます

>>639
　ちなみにTopology Mirrorにもチェック入れると動く場合があるね。