SAI2最新版での不具合を見つけたっぽいので報告です
アクティブかつ可視なレイヤーの一部を矩形選択や投げ縄選択等で範囲選択を有効にしている状態で
「メニュー → レイヤー → レイヤーを左右反転」 を行おうとすると
「操作対象に不可視のレイヤーが含まれている場合はこの操作を行うことはできません」のエラーが生じて操作がブロックされます
2017.08.20以前のバージョンでは対象レイヤーの内選択している部分のみ左右反転が行われていました
【SAI2 64bit 2017.11.23b】
【Windows 7 64bit】