>>138
ペン入れレイヤーの件、発生条件わかりました。
通常の結合ではラスタライズされませんが、
結合しようとするペン入れレイヤーが、「下のレイヤーでクリッピング」の対象になっている場合、結合後ラスタライズされてしまいます。

（当然、下のレイヤーでクリッピングにチェックが入っているレイヤーは結合対象外です）

対処方法がわかったので、実作業には問題ありませんが、一応報告まで。