277さん、278さん、279さん
ありがとうございます。
すごく理解がすすみました。
モデラーとレイアウトは、本当に別のアプリケーションなんですね。
「スケールというアニメーションをつけている」これが原因なんですね。
スクリプトは、有償プラグインなんですが、
海外のliberty3dからダウンロードできるRR Toolsです。
これのAuto IKというものを利用しています。
（自動でボーンごとIKチェーンを生成してくれる感じです）
どうもこれが、モデルのスケール情報を参照して、IKに使用するボーンを生成するようで、
レイアウトでスケールをかける前のサイズでボーンが生成されてしまうんですね。
277さんが書いてくれた通り、
リグの親としてNullを咬ませればいけそうです。
オブジェクトの子にしているかぎり、そのオブジェクトのスケール支配を受けてしまう、そういうものなんだと理解しました。
