>（ただし、店主Dには頒布権が発生しますから、店主Dによって個人Eが作成した
>　プログラムが世の中にばらまかれる可能性はありますが、そこは信頼関係でカバー？ｗ）

>（丸ごとコピーして売ってもいいし、自社HPから自由にDLさせても良いということになるよね）
GPLの理念は、利用者のソフトウェアの自由を保障することだから、これを禁止してはいけない
これはあなたが他のGPLソフトウェアを利用する時の権利にもなる

＞MySQLをインストールしたサーバをASPなどの商用に利用する場合にはライセンス料が発生します
http://www.mysql.com/about/legal/licensing/oem/
http://www.softagency.co.jp/products/mysql/license/
などを読む限り、頒布しないかぎりライセンス料は発生しないと思われる(責任は持たない)
さらに気になるなら、上記リンク先から、問い合わせることもできる。

>しかし、A社が納品したプログラムをB社が完全に自由にできるっていうのもなんだかなぁ・・・
日本で一般的なソフトウェア開発は、開発者の労働役務の提供による請負契約で、
著作物の権利は、すべて納品先に帰属する。
そうでなく、著作物のソフトウェア製品の利用ライセンスを販売する、製品販売契約の場合、あなたは当然GPLやその他のライセンスを適用できる。
ただし、GPL以外でMy SQLを利用した製品を販売する場合、上記の通りMy SQLにライセンス料を払わなくてはならない。