ここのP.55-56でおさらい
http://cweb.canon.jp/manual/eosd/pdf/eos40dcug.pdf
あとP.154の一番下に注目

その上で
[確認]CF抜いて空シャッター切れる設定で連写した場合はどうか
→これで連写しまくれるならカードの問題の可能性大
→CFカードを一度カメラで初期化して試す
→改善しなければ新しいものに交換

となるが
これでも駄目だと何かありそう・・・