FUJI S5Proの例が出ていたので特殊なフォーマットなのかと思い確認してみました。
RAW画像はWebにあったこれ
https://www.rawsamples.ch/raws/fuji/s5pro/RAW_FUJI_S5PRO_V106.RAF

当方、Rawtherapee v4.2 Ubuntu64bit で使用。
デモザイク方式 amaze でプロファイルはデフォルトで問題なく開けました。

ハイライト部分が問題になっていたようなので、ハイライト中心に補正を粘らせてみました。
1,前処理でrawタブの「rawホワイト・ポイント」ホワイトポイント補正を0.6程度に落とす
2,後処理の露光補正タブの「ハイライト復元」オン、方式は色の波及
 ハイライト圧縮10、ハイライト圧縮しきい値33

これで雲や右中の屋根のハイライト部分のディテールがよく復元されるようです。

何度もやり直し、繰り返すと補正作業が蓄積され重くなります。
「履歴」で作業履歴を確認しながら、一旦前の段階に戻ったほうが良いようです。

RAW現像ソフトは、まさに暗室作業をPCで行うわけですから、各自の制作意図しだいです。