というかメーカーの差というより形式の差といったほうが。

CCD=被写界深度が深いので綴じ本や厚めの雑誌向き。電力を喰うため電源必須。本体は大かつ高価。
CIS=被写界深度が浅いので一枚物や薄めの雑誌向き。電力を喰わないため電源はUSBでOK。本体は薄型かつ廉価。

CIS方式だと本や雑誌のノド側(綴じた側)の浮いた部分にピントが届かずに黒く映ってしまう。
キヤノンの場合は付属のソフトでそこを軽減する機能があるようだが、完全ではないだろう。
そこを容認できれば、安価・手軽という点ではCISの方が楽と言えば楽。PCにUSB接続するだけで動くし。
現行品はキヤノンだとLiDE400、エプソンだとGT-S650がどちらも1万円以下である。
A3対応はサンワサプライで400-SCN057というのが4.5万円程度。他では概ね10万円台。