PC1のファイルAをあなたが削除したからだよ
単にそれがPC2に反映されただけ
例えばPC1のHDDがぶっ壊れてOSからセットアップしなおした場合は
あなたが削除したものだと判定されないから削除もされない
もし削除されるなら同期対象端末の追加すらできないでしょう

でもこういう質問してくる人に限って壊れたHDDをいじくりながら
当人がフォルダを削除してファイルがなくなったりするんだよな