docker イメージに設定ファイルは含まれてない。
(じゃないと、バージョンアップしてイメージ変わったときに設定消えちゃうでしょ？)

Hass.io は何にどうやって入れてるの？
うちでは x86 PC にスクリプト使ってインストールしたけど、設定ディレクトリは
デフォルトではホストの /usr/share/hassio/homeassistant に作られる。

SDカードにディスクイメージ焼いて Raspberry Pi で動かしてる場合は知らんけど、
Samba add-on か SSH add-on 使って Home Assistant コンテナ内の /config を
いじるのがお作法じゃなかろうか。