「パワプロ」を「ポケモン」のように複数のソフトとして分割したり、
「野球」と直接、関係の無いゲーム・ジャンルでも、「パワプロ」での登場キャラを使ったり、
「経営者→球団オーナー」として成長させるRPGにする等によって、独立のゲームソフトとして進め、
場合によって、
>「パワプロ」との相互データ交換も出来るように後付け
すれば、ゲーム中の「不自然さ」の解消もしやすいと。

>「経営者→球団オーナー」として成長させるRPG
はとりあえず「FF9」のようなイメージだが、ファルコムの「軌跡シリーズ」もやはり完成度高いな。