>>822
通常はハード別のフォルダ内にromファイルをまとめて入れれば良し
プレイリストはゲームファイル名を書き換える
>>807のプレイリスト(ゲーム別にフォルダ分け)の様にした場合
ゲームフォルダとゲームファイル両方の書き換えが必要

>>823
それは複数ディスクで1つのゲームになってる場合の処理で
質問者の意図とはちょっと違うんじゃないかと
一応言っておくと複数ディスクのゲームはそのやり方
(X68なんかもそれで2枚同時に使うゲームが出来る)
だけどメガCDはm3u非対応なので注意