IDEじゃなくてFDD変換でしょ？
5インチと3.5インチの信号は同じなので変換すれば使えるだろうね
ちなみにUSBFDDはSCSIプロトコルでやりとりするので、
FDDコントローラを直接制御するようなプロテクトは使えないそうです
ニワカなのでX68000時代にそういうソフトあったかは知らないけど