戸籍表記は肉体的血縁的なものにしかならないでしょう。
性別を記入する必要性がない書類は増えていますが、医療では性別情報は必須なわけですからね。
男性特有または女性特有の身体的な箇所に影響する治療は当然避けなければならないので、そこは戸籍に記載された通り生まれたときの身体的な性別になると思います。
勿論身体的に性転換すれば戸籍の修正はあるでしょうるでしょうけど。
婚姻関連については、最近の裁判事例を見ても「家族として認められないのは違憲」程度に留まってるようですので、憲法の婚姻制度とは全く別に、家族となるための法が出来るのが落としどころだと思います。