EXTRA時点じゃ
凛→時臣が海外の女性との間に作った子供の子孫
桜→かつて存在した桜という人間を参考に作ったAI
シンジ→没落した名家の人間が作ったデザイナーベビー
青子、橙子→なんか当時のまんまで生きてるっぽいし魔術と魔法も使える
式→らっきょ世界から連れてこられたっぽい

これぐらいじゃね