3DSのバックアップってSDカード内に取るから、SDカード自体がお釈迦になったときはもうだめぽじゃない?
SDカードPCにつないでNintendoフォルダコピーとかしても、戻したとき本体とのセーブ回数違うっていって初期化される仕掛けのハズだし