「帰宅部ルートをプレイしましたが、
　新キャラクターの関わっていない部分でも台詞が
　細かく変更されていてびっくりしました。
　裏話などはありますか？
　特にラストのソーン様の台詞が
　多く変わっているのが非常に気になります。
　大坪さんの演じるソーン様は
　やっぱり気持ち悪くて最高だと思いました。」


カリギュラでは無印の頃から自分の出したシナリオの原案に乗っ取り
里見さんから各シーンのシナリオをいただき、
そこから実装段階で山中の方で加筆や修正、シーンの追加を加えて世に出しています。

※説明しておくとゲーム開発では通常行われることで、
　いざ実装すると『繋がりが悪い』『メッセージが伝わりにくい』
　『ボリュームを増やしたい』
　とかそういった部分は実装段階で手を加えていくわけです。

今回ありがたいことにODでのリメイクの機会をいただき、
シナリオを改めて詰め直すこともできたので
無印で最終的に僕が加筆したシーンに関しても
一度里見さんにお返しして
「どうしても気になるところは手を加えましょう。」
というちょっと普通やらない手間をかけた形で運用しています。

そういったフローにすることで質問者さんのおっしゃるように
里見さんによる無印からの改変点が随所あるわけですね。
無印から変更されている部分は
より里見さんの色を感じた方もいらっしゃるのではないでしょうか？

特に大きいのがソーンのラストシーンということですね。
詳細を語るのは野暮なのでしませんが、あのシーンでは
彼の彼女の死の解釈の余地を残すという意味で
よりメッセージ性を強めるためにということで、
里見さんから修正をいただいています。

これでお答えできているでしょうか？

ちなみにODは上記の経緯をとれたことにより
無印に比べてかなり里見さん成分そのままでお送りしております。
自分がガッツリとシーンごと追加したのは
Lucid VS帰宅部の最終戦くらいでしょうか？
（あとWIREや戦闘前後掛け合い等本筋に関わらないキャラ描写も僕ですね。）
どこが誰担当なの！？と気にされている方もいらっしゃったので
ついでにお答えしてみました。