やり取りが微妙に噛み合ってないのかもね。

周回やラスボス撃破前に戻って追加要素ってやり方は>>155でおおむね問題ないんだけど、
この方法だとラスボス戦で消費したアイテムや、取得した経験値・Gの状態を戻す事は出来ない。
アイテム・経験値・Gも戦闘前の状態に戻して追加フラグを立てられるのは
>>157の言うようにEDイベントでパスワードを教える場合だね。

一方で上の三点を気にしないなら、セーブしようがしまいが『引き継ぎ周回』も『ラスボス撃破直前に戻る』も可能だし、そこに追加要素のフラグを埋め込む事だって出来る。
スタッフロールを流してしまったらもう手は加えられないから、EDイベントを全部見せた後に選択肢を入れたり、セーブ画面を入れてロードさせれば良いよ。
『スイッチオン　→　セーブ画面　→　スイッチオフ』
この形で命令を書き込んでおくとロードした時に『スイッチオフ』の部分が切れてるから、
このスイッチを条件に『自動実行』や『イベントから触れた時』で>>156の記述内容を指し込めば良い。