岩礁とかでワールドマップの特定海域を囲って、専用エリアの入り口を作る。
初めてその海域に入ったら専用のやり取りがあるといいかもね。
グラはそのままだとメンバーが海上を走るシュールな光景になるだろうから、
専用マップ侵入前に一旦全員離脱させて、新たに船グラ主人公を投入させる。
(専用マップ内ではランダムエンカウントを無くす。船グラ主人公の紹介欄では船の設定とか書いても良し)
該当の幽霊船に入る、または海域を出る際に同じ要領でメンバーを戻せばいいんだけど、厄介なのがワールドマップの海に戻す時。
そのままだと全員が船から降りた状態でワールドマップの海に投げ出されてしまうので、↓みたいなイベントを組む必要がある。

①：ワールドマップへ戻る為の『場所移動』には自動フェードインにチェックを入れない
②：着地地点を本来のポイントから1マスずらす　着地地点には『イベントから触れた時』で作動する透明イベントを置く
③：②で上げたイベントの一頁目で船を召喚　本来のポイントに船を置く
④：『主人公の移動』で船の場所に移動させる　⑤を作動させる為にスイッチをオンにする(変数でも可)
⑤：②の二頁目を自動実行で設定してフェードイン　スイッチをオフにする

自分のフェスで試したらこの流れで上手く行ったよ。※(②の透明イベを二頁に分けたのはフェードイン時にメンバーのグラが映るのを防ぐ為)
ただ設置が面倒くさい上に容量はそこそこ食うから、>>661の案がコスパ的にもおススメかと。