自己解決。

本日、HighPoint Rocket640L（SATAのI/F）が届いて、早速それをスロット#1に挿したらNECのロゴから先に進まなくなりました。Beep音もしてました。
でも#2なら行けました。
#1→IntelNIC
#2→SATA拡張ボード
で安定しました。お騒がせしました。