MAP-EでフレッツIPv6接続の人は

ネットワークセンター - インターネット - IPv6設定 - フレッツに設定し、デフォルトゲートウェイとして設定してください。

とサポートでは案内している。
これでも上手く行かない人はサポートでチケット発行すべし。

俺はWAN側がIPv6接続出来てるけど、IPv4 over IPv6で上手く動かないから問い合わせ中。

自環境で問題があるなら積極的に問い合わせるべきだと思うよ。