Equalizer APOをスピーカーにだけ適用するのできたので報告

@タスクトレイのRealtekHDオーディオマネージャを右クリック
Aサウンドマネージャを選択
B右上のデバイス詳細設定をクリック
C再生デバイスを「内部および外部出力デバイスを、2つの異なるオーディオストリームで同時に流します。」を選択してOKをクリック

これでスピーカーとヘッドフォンが再生デバイスとして分離されるのでスピーカーにのみEqualizer APOを適用可能になる
スピーカーのみに適用して、スピーカー/イヤホン共に正しい音になることを確認できた
イヤホンを挿したときにスピーカーがミュートされる機能はちゃんと生きてるので、これで逆位相問題は解決できそう