QNAPでも HSF+ (Journaled) でフォーマットされた2TB以上のHDDは書き込みできないんでしょうか?
HBS3でそのような外付けHDDに書き出してると、数百GBほど書き込んだあたりでQNAPが勝手にリブートしました。
もう一度消して試したらもっと早い段階で勝手にリブートしました。
コントロールパネルのログには「[Hybrid Backup Sync] Stopped Backup job: "バックアップ1" due to abnormal shutdown. Try again.」というのが残されていました。

(SynologyというかLinux標準機能では同じ条件のストレージはサポートしておらず、同様に途中まで書き込めるけど失敗というケースはあるようです。しかし勝手にリブートまではしてないようです。 https://yoshi23.com/entry/synology-hyperbackup-hfs/
勝手にリブートしたのがこの制限のせいなのか、ハードの故障か気になっています。