だから

>デフォルトの設定をガンガン書き換える
>VPSが独自のディレクトリに（勝手に）ログを出力する

このへんの認識は間違っている。
もし変な設定になっているのなら、Pleskの設定の仕方がおかしいのであって、
Pleskの都合で変なところにログがはかれたり、設定ファイルを書き換えているわけではない。


妄想乙と言われたくないので一応断っておくけれど、
上記は、アメリカのServIntという鯖屋のVPSでの話。