インスタンスへは ssh 接続だけなんですか?
さくら VPS にある VNCコンソール みたいなリモートアクセスはないのかな?

カスタムカーネルの作成に失敗したとき、元のカーネルでブートさせるとかどうやるんだろう?
それとも、詰み?