>>324 です。

結論から言うと、CentOS6のまま自動更新できるようになりました。

環境が汚かったのが原因だったようです。
無駄なrpmは削除、
/optを一度全部削除する。
Pythonはデフォルトの2.6.6に戻す。

certbot-autoの最新を落として来て実行して、
/optにPython3.4の環境を自動で使ってもらいました。

Apacheは関係ないかもですが、
最新の2.4をソースからインストールしました。

最後に certbot-auto renew を実行したら、/etcのデータを見てくれて、
すべての証明書が行進されました。
良かったです。

ネットの情報はほとんど見ないで、ドキュメントや
自分の理解でやった方が結果的に早かったです。