458 を修正した

setTimeout() で、最初から表示する。
その後、setInterval() で、一定時間ごとに表示する

<iframe src="#" id="ifrm"></iframe>

<script type="text/javascript">
window.onload = function(){

var urls = ['http://www.example.com', 'http://www.yahoo.co.jp', 'http://www.google.co.jp'];

var ifrm = document.getElementById('ifrm');

function setExternalWebsite() {
// 0以上、3未満。つまり、0〜2
var idx = Math.floor( Math.random() * urls.length );
ifrm.src = urls[idx];
}

setTimeout(setExternalWebsite, 0); // 最初から表示する
// 5分なら、5 * 60 * 1000 とする
var timerID = setInterval(setExternalWebsite, 5000);
}
</script>