２ → ３の間に起きた出来事
・ジミニーメモにバグが起きた為ミッキーがデータの世界のソラを作って冒険させる
ソラの中でロクサス、シオン、ヴェントゥスの心が眠りについていることが判明
マレフィセントはデータの世界を狙い始める

・ノーバディが消え心が解放されたXIII機関員は人間として復活、過去のゼアノートが現れゼムナスとともにブライグ、アイザを連れ真XIII機関結成、ソラを13人目にする計画が動き出す

・リクとミッキーを助けた後も闇の世界をさまよっていたアクアは闇の海岸で同じく闇の世界へ飛ばされていた賢者アンセムと出会う

・ソラ、リクがキーブレードマスター昇任試験を受けることに
眠りに閉ざされた７つの世界の鍵を開けることで世界を解放する他、ソラの目覚めの力を覚醒させることでソラの中で眠る人たちを目覚めさせるのが目的
しかしこれはゼアノートの罠で眠りに落ちたソラは夢の世界をさまよい真XIII機関の本拠地に誘い込まれる
夢の中でソラはロクサスと対話し、ロクサスはロクサスとして復活すべきだと話す
ソラはゼムナスを倒すも悪夢の中にとらわれたまま闇に落ちかける
過去ゼアノートと戦いソラの元へたどり着いたリクはリア、ミッキー、ドナルド、グーフィーと協力して眠ったままのソラを連れてゼアノートからなんとか逃げる
眠ったソラの心を守る為にヴェントゥスの心が鎧になるがヴェントゥスは悪夢の浸食を受けていたがリクが撃破、ソラとヴェントゥスが闇に落ちるのを阻止する
リクとミッキーはアクア救出、カイリとリアはキーブレードの修行、ソラは目覚めの力を再び覚醒させる為に旅に出る