大阪労働局
http://osaka-roudoukyoku.jsite.mhlw.go.jp/yokuaru_goshitsumon/jigyounushi/jikangai.html

Q11. 当社では、残業時間の計算を30分単位で行っており30分未満は切り捨てています。
この取扱いでよろしいでしょうか。

A11.
割増賃金の計算に当たっては、事務簡便のため、その月における時間外の総労働時間数に30分未満の端数がある場合に
はこれを切り捨て、それ以上の端数がある場合にはこれを1時間に切り上げることができるとされていますが、
原則的には、毎日の時間外労働は1分単位で正確に計上するのが正しい労働時間管理といえます。労働時間の端数計算を、
四捨五入ではなく常に切り捨てで計算することは、切り捨てられた時間分の賃金が未払となるため認められていません。