これは完全に推測なんだけど、メインクエで既にコールドハーバーには着いてるんだよね？
そのコールドハーバーに入る前にたぶんヴァヌス・ガレリオンと三同盟の盟主が出てきてあれこれやるクエストが挟まると思うのだけど、同盟地域クエスト全終了時にもそのクエストに誘導されるようになっているんよ。
だからメインクエ中でコールドハーバー誘導クエストを消化していて、同盟地域クエスト終了時にその誘導クエストが発生しない…という状況になっているんだと思う。
普通にコールドハーバーの最初の町に行けば同盟地域クエストの〆的なコールドハーバーのクエストラインが始まると思うよ
何かわかりづらい説明ですまんね