パッドのXY反応したいのはどうもiniの設定ミスっぽい？
S1Input.iniの[Engine.PlayerInput]にあるXYのBindingsのCommandの中身を消して、
以下のように変更すると修正できる。
Bindings=(Name="XboxTypeS_X",Command="")
Bindings=(Name="XboxTypeS_Y",Command="")