ボスの結晶は今の所他に使い道はないです
ただ1万シルバーで売れるだけですね
NPC店売りしても構わないですが自己責任でどうぞ

このゲームは以前は使い道が無かったものが
以後のアップデートで新しい使い道が追加されることが良くあります
そうなったときに、あの時処分しなければ良かったということになっても
だれも責任は取れません

保管しておく手段としては倉庫よりも　馬車に積み込むことをおすすめします
結晶は帰属アイテムではないので馬車に積み込みが可能です