ざっくり検証したの置いとくぞ
・航海士の知識は船室の適用割合が掛け算される
職業適正の数値が全てに適用される （交易航海士が交易100%に乗れば冒険戦闘も100%）

・経験値は船室、適正問わず同じ
交易経験値で検証 （適正100%と50%両方同じ経験値が入っていた）

・船室の搭乗効果はその船室に乗せた航海士だけ適用される
戦闘100%、白兵術8%の場合108%になる
戦闘80%、白兵術6%の場合84.7%くらいになる
つまり適正の航海士が足りている場合、適正100%未満の船室は現在すべてゴミ

とはいってもS船員コンプと全員にS以上の装備渡せる課金しないかぎり艦隊知識はLv7で頭打ちになるんで気にしなくていい
誤差だよ誤差