JR東海にJR北海道を子会社化させるなら
・東海道新幹線と北海道新幹線の直通運転を認める
　新大阪、名古屋、新横浜から大宮、仙台、札幌とか乗り換えなし（東京駅飛ばし）
　　　　　試験車両は既にできてる。国鉄時代の1973年に製造された961形試験車
　　　　　http://news.mynavi.jp/series/trivia/032/
・北海道新幹線〜東北新幹線の直通運転を現在往復10本から倍増すること
　東北新幹線の収益を奪うことになってJR東日本が嫌がるだろうけど

JR東海にJR四国を子会社化せるなら
・四国新幹線（新大阪〜四国〜福岡）を東海主導で作って東海道新幹線と直通運転させる